中心设两部一室一组，分别为创业服务部、科技条件部、办公室及专家组，岗位设置及主要职责分别如下：

创业服务部
(1)组织有关专家，研究提出自治区孵化器行业发展规划、政策，积极探索适合于不同阶段、不同类型的孵化器管理、运行的体制和机制; 
(2)完善自治区科技企业孵化器示范基地的资质认定体系，并 协助高新处完成申报材料的征集、整理、专家评议、复核等事务性工作 ; 
(3)承办自治区科技孵育协会具体工作。集聚社会资源，形成科技孵化的网络体系，面向全区孵化器行业提供孵化理论及实务培训及咨询指导。加强孵化器同中小型科技企业、科研机构、中介与咨询服务机构、风险投资机构等的联系与合作; 
(4)建设并管理自治区高新技术创业服务申心网站;协调新闻媒体大力宣传孵化器行业的发展; 
(5)做好全区孵化器行业的数据统计工作，为申心领导提供全国孵化器发展的最新动态资料; 
(6)联络区内、外孵化器进行行业交流与合作，积极与区域性、全国性、国际性的创业申心协会联网; 
(7)组织有关专家和机构对全区科技孵化器的运行情况进行评估，撰写年度报告及下一年度工作安排; 
(8)其它交办工作。 

科技条件部 
(1)协助条财处完成全区科技基础条件平台的规划、建设和运行管理工作，提出并配合实施年度工作计划; 
(2)协助条财处全面参与大型仪器协作共用网和维修网的日常管理工作; 
(3)建设和管理全区科技条件平台网站; 
(4)组织筹备条件平台方面的有关活动和会议; 
(5)做好科技条件平台建设的宣传工作; 
(6)其它交办工作。 

办公室 
(1)为中心领导提供必要的文件流转、日程安排、会务、来访接待等公务服务; 
(2)负责中心内部的人事、文件、会认、党务等统计工作; 
(3)承办中心日常报告、总结的撰写工作; 
(4)修订中心内部管理的制度、规章、办法并进行日常监控; 
(5)按照规范要求，收集、整理并归案备种文件、会议资料、以及中心的各类资质证书等，管理中心的各类公章、印鉴; 
(6)负责中心员工的医保、社保、住房公积金、聘用合同、职称、人事关系、工资发放等人事管理工作; 
(7)承办中心领导交办的其它工作。 

专家组 
(1)协助中心领导提出中心总体发展思路及工作重点; 
(2)承担重大课题申报、办理、撰写及实施工作; 
(3)政体处委托，承担自治区民营科技促进会的事务性工作; 
(4)为中心的日常管理及业务发展提供咨询服务。